1.倡用方变通，注重实用
《女科切要》一书，所载方剂159 个。其基于经方，但不拘泥于古论、成方而不变通。秦氏书中所记载方剂，附有很多随证加减的家藏秘方，法随证立，方从法出，随证化裁。其载方用方特点新颖，可分以下五点：

一是以药析方，随证变通。如“月经先期”中，先期汤下所载“先期经来，血热也，故以四物三黄同用，则血不沸腾。少加艾叶于寒凉味中，亦复卦之义也”等语，语言简练，用药简便，使读者一目了然。

二是补前书未及。如“火邪经闭”中清胃散所载“按膏粱积热，不生精血，湿热甚至于冲任则病带下，燥热郁于诸经，则患经闭，是症最多，前书未及，师老补著，厥功溥矣”等语，论及膏粱积热、燥热郁经为引起经闭的主要原因，补以往之不足。

三是对经方验方有务实的评价。如“不应停而停”一节中所载加味逍遥散，其下就载有“此逍遥散加丹、栀，名八味逍遥散，此方重在脾胃，及行肝胆郁滞，故不用生地，恐伤胃也，以肝伤血少，用归芍养血平肝，木盛土衰，用术、草和中扶土，柴、茯升阳利热，丹、栀凉血泻实，故为妇人血虚发热，治郁调经之通剂”等语。

四是家藏秘方，用药加减神乎其技。书中所附方药，有很多家秘用方，以其家传数代的经验积淀。如家秘清肺饮，治肺气不清，下遗成带；家秘清胃散，治胃中湿郁，下移成带。家秘三白丸，治远年成带等。书中载“考东垣先生清胃原方，只当归、川连、生地、升麻、丹皮，薛新甫先生加犀角、连翘、甘草、名加味清胃散，今师老恐其凝滞，加缩砂仁，神乎技矣。”值得一提的是，因《女科切要》一书后又经须用恒编次，所以书中可见门人增补的痕迹。如上述“师老”等语，当是秦氏门人对秦氏的敬称。

五是重视制方法度。书中对方剂药量配合、药物炮制，方剂用法做了详细的记载。如书中记载用“四制香附丸”：香附米一斤，去皮毛，分四分，用苏木、红花、桃仁、泽兰各一两，同煎一度，各浸三日，晒干、焙炒、磨末，为丸空心开水下散钱。治妇人、室女经候或来或止，六脉沉涩，神效。“十味香附丸”：香附子一斤、当归身、川芎、白芍药、熟地各四两，白术、泽兰、广皮各二两，黄柏盐炒一两、炙甘草一两。为末，醋糊为丸，空心，淡盐汤下。家秘用治厥阴火旺，经闭不调等证。“九味香附丸”：香附四两、当归身、川芎、白芍、生地酒炒、陈皮各一两，白术二两，条芩酒炒一两五钱，小茴香五钱。十味丸以川柏凉下，此方以小茴香温下，且白术倍于前，治中州凝滞经闭。方剂配伍之精妙，中药炮制之变化，对现今妇科临床用药与研发均有一定启示。

2.治学宗薛新甫，重视顾护脾胃
秦氏注重对经典的继承与发扬，认同薛己的学术思想。薛新甫在妇科疾病的治疗过程中多采用养脾胃、补气血的方法。
秦氏书中所述：“以十二经皆禀胃气所生，尝见膏粱嗜奉者，往往中气不清，以致冲任胞中皆热，而溲便混浊，赤白带下，经候不调。”“按调经重脾胃者，以胃主生血，水谷之精气化，则经血自生耳，故脾胃不健而血不生者，非四物汤可概治也。”“调养中气，以除治病之根，故曰带下当以胃药收功者。”均可看出其重视理脾胃以调经。

另外，秦氏在带下症一章中，认为著书固宜分经列治，求致病根源，带下不可只以赤白二带称之。引用《内经》论痿独取阳明，阳明会于气冲，属带脉，纳水谷，渗灌诸经。又据《阴阳别论》云：阳明病，则带脉不引，而带下之症作。悟出带下症病因病机未可尽归六淫七情，肠胃积热也多是导致带下症的病因。《内经》云：“中气不足，溲便为之变。”长幼饮食一般，故均有带下。秦氏立家秘诸方，调养中气，阐发独取阳明，带下当以胃药收功，以除治病之根。

秦氏有普世济人之心，对传道授业亦是格外用心。在血崩症中记有“温补、清补两大法，门人皆习焉不察，特申言之”等语。还提出学者不仅要知女科养血补血，更勿忘却祛邪泻热。其门人所述“师老恐女科务在养血，伤寒专主散邪，故互著于《大白》《切要》两书”等语可见秦氏对受业之用心。

今存《女科切要》一书，虽系残卷，但从其内容来看，分类详细，论述缜密，方药丰富，理贯通、法实用，较系统的反映了秦氏在女科一门的医学思想。同时对今女子经带病症的文献研究、临床诊断、方药研发、应用都有一定的启示意义，有参考和实用价值。