马印麟认为，自古以来张仲景、刘河间、李东垣、朱丹溪可谓岐黄之四大明师，但“惟有瘟疫一门而未尝发明受病之由”。导致“凡遇瘟疫之症，流行颠倒差乱，误人多多。”后来，马氏在青州医药世家张宗玉处得其所藏张景岳《类经》，对其中的五运六气之说十分赏识，认为如果能明五运六气之至要，则可知为瘟疫时症之根源，故书名为《瘟疫发源》。此书成书之后，存放了三十余年，在此期间马氏注意观察运气与瘟疫发生的关系，认为是“屡验屡效”，所以才将此书刊刻出版，并将观察结果附在书前。
《瘟疫发源》选取
张景岳《类经》中关于五运六气的内容，预测每年的主气与客气“和”或“不和”。马印麟指出“凡主气者，年年不移。客气者，每岁而迭迁”，所以他以干支年为序，逐年分析此年的主客之气、岁运特点，以及气候、物产与疾病。通过这种推算，预测某年可能有瘟疫流行而早做准备。他认为“若主客之气正化，则天时风雨调和而五谷丰收，则民亦舒而无病。然一岁之中，全在客气之流行变化。若主客之气不和，阴阳不得升降，则五行相制，天时寒热温凉，不应主气，则天有不测之气象，风云雷雨，旱涝不均。五谷亦不能丰收，而民多患灾难疫疠之热症。”并对气运不同的不同年份提出了相应的不同治法，最后提出7个药方，用于不同气运年的瘟疫防治。
